產(chǎn)生于明中期的營兵制對衛(wèi)所也有很大的瓦解作用。

       以督撫總兵為首的戰(zhàn)時軍事體制的創(chuàng)立，是明代軍事制度的重大調(diào)整。 這些軍事官員所領(lǐng)之兵的組織形式，也完全有別于衛(wèi)所，這就是營兵。營兵是由從募兵和衛(wèi)所兵種選出來的精壯之士組成，因而有很高的作戰(zhàn)能力。但它抽走了衛(wèi)所兵的精英，對衛(wèi)所而言，是不利的。

       總督、巡撫所統(tǒng)之兵稱標(biāo)兵，往往有一營或數(shù)營。總兵及副參游守所統(tǒng)之兵，均獨(dú)立為營。營伍設(shè)置及人數(shù)均沒有統(tǒng)一的規(guī)定，其人數(shù)一般是隨領(lǐng)兵官職位的高低而變化的。嘉靖時的宣府鎮(zhèn)，正兵營，由總兵官統(tǒng)領(lǐng)，官軍5000人；奇兵營，副總兵統(tǒng)領(lǐng)，兵3000；舊游擊營，由左游擊將軍領(lǐng)兵3000；新游擊營，右游擊將軍領(lǐng)兵3000；總督軍門標(biāo)下游兵3000；巡撫標(biāo)下800人；五路參將營兵各3000人；極沖要處守備19處，各領(lǐng)300人；次沖要處守備9處，各統(tǒng)200人。

       營兵的來源，一是募兵，一是衛(wèi)所軍。明中期以后的募兵除少數(shù)部分由衛(wèi)所帶管外，主要部分均充任營兵，可以說營兵是以募兵為主。衛(wèi)所軍轉(zhuǎn)為兵，有兩種途徑，一是私投為兵。募兵待遇優(yōu)厚，衛(wèi)所兵紛紛投充為募兵，遼東經(jīng)略熊廷弼指出： 舊軍以糧薄紛紛棄伍投充新兵，舊營伍無一處不亂。

       第二種途徑，也是最主要的途徑，是抽調(diào)衛(wèi)所軍到營而轉(zhuǎn)為營兵。嘉靖時，已有 抽邊軍丁補(bǔ)兵之議 ，理由是： 時當(dāng)事者以軍與民壯并無在食糧之額，用以充抵民兵，則兵數(shù)不虧，餉數(shù)自減。蓋于總參新法中仍參用軍武，存衛(wèi)所初建議，兵制有變而得其善者，此制也。

       由于衛(wèi)所軍經(jīng)常被抽選為兵，從而出現(xiàn)了一個新概念—— 軍兵.嘉靖末，嘉興府郡城五營民兵及守臺鄉(xiāng)兵，以次裁革，止存募兵三營及 抽選海寧衛(wèi)所軍兵二營 ，每營設(shè)隊(duì)什長，俱屬兵備及參將統(tǒng)調(diào)。這種軍兵，多出現(xiàn)于嘉靖倭患平息之后，以募兵費(fèi)餉，故汰兵選軍， 于原在食糧之額，加至一石，但仍比募兵省費(fèi)用。

       由衛(wèi)所調(diào)出之軍，在營則為兵，統(tǒng)轄、使用、餉給等均不同于衛(wèi)所軍。 但若回衛(wèi)，則仍為衛(wèi)所軍。我們從下面班軍的情況，即可清楚地看出其雙重身份。嘉靖三十三年，總督京營戎政平江伯陳青，同兵部尚書聶豹爭班軍職掌，相持不下，明世宗命科道官議之，于是議定： 自今班軍上班，由都司送部，由部到營，該營不得而先。蓋軍未上班，是為外衛(wèi)，外衛(wèi)固屬之本兵（兵部），使?fàn)I中先收，孰從而知其多寡虛實(shí)之?dāng)?shù)？班軍下班，由參將送總督，總督咨兵部，該司不得先。蓋班軍未下班，是為營兵，營兵悉隸于戎政，使該司先收，孰從而知其到否？是以屬營為兵，屬衛(wèi)為軍。

       營兵漸漸代替了衛(wèi)所軍，兵主戰(zhàn)，君主守或屯， 兵御敵而軍坐守，兵重軍輕，軍借衛(wèi)于兵，壯軍乃復(fù)充兵?！白约尉甘迹急诿鬈娭械谋壤找嫣岣?，由募兵和衛(wèi)所軍士中抽選的精壯組成的營兵成為戰(zhàn)爭的主要承擔(dān)者，衛(wèi)所軍退居次要地位，主要承擔(dān)一般性的防守任務(wù)，在很大程度上相當(dāng)于營兵的預(yù)備役隊(duì)伍?！薄睹鲿分赋觯?厥后衛(wèi)所軍第征屯租，而操練全廢，軍歸農(nóng)，不習(xí)兵。但營兵仍為因戰(zhàn)事而設(shè)的軍事組織，流動性很大，隨戰(zhàn)事調(diào)發(fā)，沒有固定的駐地，事畢裁革，募兵歸鄉(xiāng)務(wù)農(nóng)，衛(wèi)所軍還衛(wèi)。營兵制并沒有徹底取代衛(wèi)所，衛(wèi)所制一直存在到明朝滅亡，清初改衛(wèi)所軍為屯丁，衛(wèi)所制作為一個軍事組織才徹底消失。 總之，明代衛(wèi)所制度是處于一個慢慢分化瓦解的狀態(tài)。衛(wèi)所制本身所具有的很多特點(diǎn)，比如軍籍制、清勾、世襲等，在明初戰(zhàn)事吃緊時并沒有表現(xiàn)出太多的弊端?？呻S著歷史的發(fā)展，衛(wèi)所制的弊端暴露無遺，衛(wèi)所軍士益發(fā)頹廢，再遇戰(zhàn)事就只能依靠募兵作戰(zhàn)了。而募兵制和營兵制的存在，一方面不斷地滲透和威脅著衛(wèi)所制，另一方面，很多衛(wèi)所兵尤其是精壯的衛(wèi)所兵加入到募兵營兵行列，減少了衛(wèi)所兵的數(shù)量，消弱了衛(wèi)所兵的質(zhì)量。而此時的軍戶屯田私有化的轉(zhuǎn)變，又使衛(wèi)所失去了賴以存在的經(jīng)濟(jì)基礎(chǔ)。因而，就軍事上而言，衛(wèi)所制走向衰落也是一種必然。